La base de las enseñanzas de la escuela Soto Zen es el zazen. Esto se originó con el Buda Shakyamuni, quien se dedicó a la práctica del zazen y posteriormente alcanzó la iluminación. «Zen» se refiere a ver y discernir la verdad de cómo son las cosas, y luego armonizar la mente para corresponder adecuadamente con ese entendimiento. También consiste en mantener la armonía del cuerpo, la respiración y la mente sentándose en una posición estable con la mente concentrada.  

El zazen de la escuela Soto Zen se llama "shikantaza", una palabra japonesa que significa "simplemente sentarse", y que consiste en sentarse con determinación, pero a la vez completamente libre de objetivos, metas o intenciones de lograr algo especial. El zazen no es un medio para alcanzar algún tipo de objetivo. La forma (postura) del zazen en sí misma es la forma (postura) de Buda; es la forma de la iluminación. En nuestra vida cotidiana, tendemos a dejarnos llevar por nuestros deseos egoístas, así como por la apariencia de las cosas. Sin embargo, en el zazen, lo importante es liberarse de todo tipo de ilusiones, fabricaciones mentales y deseos. 

Dogen Zenji también enseñó que la práctica del zazen no consiste solo en sentarse, sino en descubrir que todas nuestras actividades cotidianas tienen el mismo valor que el zazen para realizarlas como práctica del Zen. Puede parecer que la práctica es algo especial, algo alejado de la vida cotidiana. Sin embargo, nuestra práctica consiste en realizar todas nuestras actividades diarias como si fueran lo mismo que el zazen y continuar y mantener esa práctica.